В Нью-Йорке опять неспокойно, старый враг Черепашек-ниндзя вырвался на свободу и даже обзавёлся новыми приспешниками. Среди них не только ловкие ниндзя, но и носорог с кабаном, когда-то они были людьми, но превратились в опасных животных. Одолеть многочисленных противников под силу только Черепашкам-ниндзя, выбирайте одного, например, Лео или Микки. А затем бросайтесь в бой, правил как таковых нет, надо сделать всё для того, чтобы враги отступили. Кроме главного героя можно выбрать второстепенного - он станет помогать и прикрывать тяжёлых случаях. Миссия будут считаться выполненной, когда падёт главный противник.